汉唐时期，气功在医学界相当流行。当时华佗、葛洪、陶宏景、巢元方、孙思邈等著名医生都是精通气功的大师。气功健身实践和文献整理都有重大贡献。

宋、辽、金、元四朝，战争频繁，社会动荡，各种疾病丛生需解决的治疗是当时医学界面临的最迫切的问题。因此，虽然气功不像汉唐时期那么流行，但它并没有被排除在正宗的医领域之外。金元时期医学界四大名医之一、寒凉派代表人刘完素在他的《素问病机气宜保命集》中就有气功养生的记载：“吹嘘呼吸，吐故呐新……这一切都修真要也。金元四大家之一的李东垣也认为：半夜收心静坐少时，此生发出血气之大也。他还主张安于淡泊，少思寡顾。省语以养气，不作劳以养形，虚心以维神。此外，攻下派的张子和也将引导吐纳列为治疗方法之一。

从明末到清末，气功在医学界更受重视，气功养生的重点也更多。在《类经》一书中，明代名医张景岳对气功进行了正确的评价，并涉及到气功和药物的长度。他说：“……虽然轩歧之教从来没有尝废过宁静虚无、呼吸精气的说法，但它应该是紧急的，各有所用。如果无事可做，因为它的固有而存在，也是延年益寿的帮助。这种修养方式，能及其妙者，必不可少。至于疾病的既成，营卫既乱，欲舍医药，望其可除，无可复，则无理。对于气功的具体做法，张认为其功夫只有《蒋氏调气篇》、《苏氏养生公式》、《李真人长生十六公式》才有其法，足以入门。”

宋代《圣济总录》载有以意气攻病法，称有宿患，但用意并气，但三五天就会愈合。如果四肢有问题，你也可以想生气去攻击它，它的疾病就会分散。清代医生称这种疗法为运气法。清代著名医生张志聪对运气法有着深刻的经验。他用这种方法来消除自己的痈毒。

此外，明清时期的医生，如李士材、龚廷贤、龚居中、李时珍、沈金螯等，都讨论过气功疗法。

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